Một nét đặc sắc khác mà du khách có thể tìm thấy ở Hội An là các hội quán, tiêu biểu là hội quán Quảng Đông, Phúc Kiến và Triều Châu.

Hội quán Quảng Đông là nơi hội tụ văn hóa Hoa - Việt giữa lòng Hội An. Nơi đây lưu trữ nhiều hiện vật bằng gốm sứ, các hình tượng mô phỏng, phác họa lại các vở tuồng về văn hóa và các văn bản ghi chép cuộc sống sinh hoạt thường ngày của cộng đồng người Quảng Đông tại Hội An.

Được khởi công xây dựng vào năm 1679, hội quán Phúc Kiến là một trong những công trình kiến trúc lâu đời nhất còn tồn tại đến nay ở Hội An. Qua nhiều lần trùng tu lớn nhỏ, hội quán này ngày càng khang trang, lộng lẫy, trở thành một địa điểm tham quan nổi tiếng. Đến với Phúc Kiến, du khách sẽ được chiêm ngưỡng cận cảnh kiến trúc độc đáo, tinh xảo đậm chất Trung Hoa giữa lòng phố cổ.

Một hội quán không kém phần nổi bật nữa ở Hội An chính là Triều Châu, hay còn gọi là Chùa Ông Bổn, luôn luôn nằm trong danh sách những nơi phải đến khi tới Hội An. Cùng với Phúc Kiến, Triều Châu cũng nằm trong danh sách những công trình kiến trúc cổ nhất tại thành phố này với kiến trúc đặc sắc, đường nét chạm trổ tinh xảo…. Bên cạnh đó, công trình này còn thu hút du khách bởi nghệ thuật đắp nổi hoa văn bằng sành, sứ, tăng thêm vẻ đẹp và tạo tính nghệ thuật rất lớn.